１ 2020年10月1日、菅義偉首相は、日本学術会議が推薦した新規会員候補者105名のうち6名の任命を拒否した。日本学術会議は、同月2日付で、菅首相に対し、上記6名が任命されなかった理由の説明と、上記６名の速やかな任命を求める要望書を提出した。
しかし、1年も経った現在に至るも拒否された６名は任命されていない状態が継続しており、任命拒否理由も明らかにされていない。
それを明らかにするため、情報公開請求が提起され、また、拒否された当事者が求める自己情報開示請求がなされたが、政府は文書の不存在等を理由に公開を拒否する態度をとり続けている。
市民ウオッチャー・京都は、以下の理由により、日本学術会議の推薦どおりにこの6名を任命することを求め、同時に、任命拒否の理由を開示するとともに自己情報の開示に応じるよう求めるものである。
２ 日本学術会議は高度な独立性をもった機関であり、政府による介入は、学問の自由を侵害する。
日本学術会議は、侵略戦争の間、科学者が政府の戦争政策に協力したことへのきびしい 反省の上にたち、既存の学術体制の再検討、特に平和・民主・文化日本にふさわしいあらたな学術機関を求める世論が高揚するなかで、日本学術会議法が成立し、戦後間もない1949年1月に発足した。
日本学術会議法によれば、日本学術会議は、内閣総理大臣の所轄のもとにあるが（1条2項）、「わが国の科学者の内外に対する代表機関」（2条）であり、「科学の向上発展を図り、行政、産業及び国民生活に科学を反映浸透させる」（2条）ことを目的として、「科学に関する重要事項を審議し、その実現を図ること」（3条）ことを職務として、「独立して」行う国の機関とされている。吉田茂首相は、日本学術会議は国の機関だが、「その使命達成のためには、時々の政治的便宜のために制肘を受けることのないよう、高度の自主性が与えられており、ここに本会議の特色がある」と強調している。日本学術会議は、政府からの諮問に応じ（4条）、政府に勧告もする（5条）活動が定められている。
会員の候補者は、日本学術会議が「優れた研究又は業績がある科学者のうち」から内閣総理大臣に推薦し（17条）、その推薦に基づいて、内閣総理大臣が任命する（7条2項）となっているが、法案審議の過程においては、中曽根首相（当時）は「政府が行うのは形式的任命にすぎません。したがって、実際は学会なり学術集団が推薦権を握っているようなもので、政府の行為は形式的行為であるとお考えくだされば、学問の自由・独立というものはあくまで保障されるものと考えております」と答弁した。
このように、日本学術会議法は、日本学術会議の職務の独立を確保するために、任命においては実質判断をしないことを求めていることが確認できる。これは憲法23条の学問の自由の保障が制度化されたものと考えられる。日本学術会議は、各会員の学問研究の成果にもとづき、科学を政策にいかすための機関であるので、科学者の集団として高度の自律性が求められ、その自由・自律性に対して政府が介入することは学問の自由の侵害となるといわなければならない。にもかかわらず、政府は任命を拒否したものであり、上述した審議過程からは、任命拒否は日本学術会議法にも反し、ひいては憲法23条の学問の自由を侵害するものである。
３ これまでの政府の説明には問題がある。
政府は、総理大臣は任命権者として監督権がある、「推薦のとおりに任命すべき義務があるとまでは言えない」などと強弁する。
しかし、前述の通り、日本学術会議は高度な独立性をもつ行政機関であり、当時の中曽根首相が言うように任命は形式的行為であるから、人事を通じての監督権は、政府自身がそれを否定している。憲法がその選定罷免権者を定めていない公務員（日本学術会議会員もこれに含まれる）について国民の選定罷免権をいかに具体化するかは、国会が公務の種類・性質を考慮しつつ決定すべきことになるのであり、それは国会が定めた日本学術会議法のとおりとなる。また、会員候補者が優れた研究又は業績がある科学者であり、会員としてふさわしいかどうかを適切に判断しうるのは、日本学術会議であり、それ以上に首相が会員候補者の優れた研究や業績について判断できることはおよそ不可能であり、首相の介入の余地はない。
４ 学者・法律家等１１６２名は、本年（2021年）4月26日、情報公開法に基づき、任命拒否の理由がわかる行政文書の公開を求め内閣府等４ケ所に開示請求を行ったが、いずれも文書の不存在あるいは請求している文書は存在しないなどの理由で開示を拒否した。
また、任命を拒否された6名は、各自、個人情報保護法に基づき任命にかかる自己情報を求めて開示請求を行ったが、これも不開示とされた。
いずれも審査請求を申し立てているが、政府（上記処分庁）が不誠実な対応をとることは許されないのであり、速やかに不開示決定を取り消し、開示することを強く求める。
特に、任命拒否された6名は、科学者の政府に批判的な言論等が理由ではないかとの懸念が強く指摘されているところであり、そうだとすれば、6名をはじめ、科学者の学問の自由、言論・表現の自由を脅かし、同時に学問の自由の保障を前提とする日本学術会議をはじめとする科学者集団の政治からの独立と自立を脅かすものとなる。
５ 以上のとおりであり、市民ウオッチャー・京都は、6名の任命拒否に抗議し、速やかに任命することを求め、同時に、情報公開請求人及び当事者が開示を請求している任命拒否の理由を速やかに明らかにするよう求める。
2021年9月29日
市民ウオッチャー・京都
代表 森 裕之